Voor sommige faunasoorten kunnen er speciale beschermingsmaatregelen nodig zijn. Dit kan zijn vanwege bijzondere omstandigheden zoals voedseltekort voor vogels in strenge winters, knelpunten op het gebied van migratie (paddentrek), verlies van overwinteringsplaatsen (vleermuizen), verdwijnen van nestelgelegenheid (vogels) en het dempen en/of uitbaggeren van sloten, vijvers tec. (waterfauna). Ook botulismebestrijding wordt indien nodig uitgevoerd. Deze speciale beschermingsmaatregelen vinden ook plaats in en op terreinen van de Natuur- en Vogelwacht. Zie hiervoor het Grondfonds

Sinds 1983 houdt de Natuur- en Vogelwacht zich intensief bezig met botulismebestrijding. Deze bestrijding bestaat voornamelijk uit het preventief ruimen van kadavers (bijv. dode vissen na de paaitijd). Na uitbraak van botulisme worden de zoekacties sterk geïntensiveerd om de besmettingshaarden zo snel mogelijk weg te kunnen nemen.

Wat is botulisme?

In 1998 is er een knelpunt voor amfibieën ontdekt op de Rijksstraatweg in Dordrecht. Sindsdien wordt er gedurende de voortplantingstijd op de Rijksstraatweg een scherm geplaatst met bijbehorende ingegraven emmers. Amfibieën die hierin terecht komen worden vervolgens de weg overgezet  en in de voortplantingspoel weer uitgezet. Tengevolge van de werkzaamheden aan de HSL lijn op die locatie is de situatie drastisch veranderd. De werkzaamheden aan de HSL zijn nu definitief voltooid.  Elk jaar wordt er in februari het paddenscherm geplaatst en worden de emmers dagelijks gecontroleerd.

Op het Eiland van Dordrecht zijn tientallen bunkers van de Hollandse waterlinie te vinden. Vanaf 1987 heeft de Natuur- en Vogelwacht een aantal bunkers ingericht als vleermuisverblijf. Vanaf 1988 worden deze bunkers gecontroleerd op het gebruik als overwinteringsplaats door vleermuizen.

Na controle in januari 2009 van de 9 ingerichte bunkers zijn de volgende soorten aangetroffen:

16 grootoorvleermuizen

04 baardvleermuizen

07 watervleermuizen

De Stichting Natuur- en Vogelwacht Dordrecht heeft op verzoek van "De Sterrenlanden" een tiental nestkastjes opgehangen in de tuin van het verpleeghuis aan de Schenkeldijk in Dordrecht. Het betreft broedkastjes voor; Koolmees, Pimpelmees, Grauwe vliegenvanger, Boomkruiper, Spreeuw, Gekraagde roodstaart, Grote bonte specht en Groene specht.
Het is de bedoeling dat zowel de vogels als de bewoners van het verpleeghuis plezier beleven aan deze actie, want wat is er leuker voor de huidige bewoners, om de nieuwe bewoners (van zo'n nestkastje),  van achter het raam of vanuit de tuin, gade te kunnen  slaan.

Wintervoedering

Gedurende de winter, maar alleen als het echt nodig is, houden de vrijwilligers van de Natuur- en Vogelwacht zich ook bezig met wintervoedering.  Na een langdurige vorstperiode of na zware sneeuwval wordt voor sommige soorten de voedselsituatie snel erg nijpend. Vooral roofvogels en viseters zijn hiervan het slachtoffer. Denk bijvoorbeeld maar eens aan de IJsvogel. Deze vogel heeft open water nodig (niet te diep) om vis te kunnen vangen. Ook de Roerdomp, een schuwe rietvogel, is afhankelijk van een portie vis per dag. De Blauwe reiger trekt tegenwoordig steeds meer richting de stad, om daar zijn dagelijkse portie voedsel bijeen te scharrelen. De laatste tijd is er nog al eens discussie over het nut van bijvoedering tijdens de winterperiode.

Sommige biologen, ornithologen en andere deskundigen vinden dat je de natuur zijn gang moet laten gaan en spreken over "natuurlijke" selectie (de zwakken sterven en de sterken blijven over). Maar in vergelijking met vroeger zijn er tegenwoordig wel veel natuurlijke gebieden met een belangrijke voedselfunctie verdwenen, waardoor het voedselaanbod sterk is afgenomen. De Stichting Natuur- en Vogelwacht gaat daarom uit van het individuele dier. Als er gedurende het winterseizoen een nijpend voedseltekort dreigt op te treden, trekt zij erop uit om te helpen. Maar dan alleen als het echt noodzakelijk is. 

Bij noodzakelijke ingrepen, zoals het periodiek baggeren van sloten of vijvers en tijdens het dempen van waterpartijen, komen vissen en andere waterdieren letterlijk op het droge te liggen.

Om te voorkomen dat deze dieren een jammerlijke dood sterven, zetten medewerkers en vrijwilligers van de Natuur- en Vogelwacht zich in om vissen en andere fauna te vangen en van de droogvallende waterpartij naar een onaangetaste sloot in de directe omgeving over te zetten.

Op deze wijze kunnen vaak honderden waterdieren gered worden.